卢良恕认为，加入世贸组织后，我国农业将享受绝大多数国家无条件最惠国待遇、发展中国家优惠待遇，可减少歧视性待遇，有利于利用有关机制解决贸易争端等，即可优化我国农产品出口的外部环境，也为我国利用国际农业市场与资源创造了有利的国际环境。在充分发表意见的情况下，我国可以自主参与制定新规则，有利于在多边体制下争取和维护自身利益。加入世贸组织还有利于我国进口资源密集型、比较利益低的农产品，如粮食、棉花和油料，腾出资源发展出口导向的劳动密集型农产品生产，如水果、蔬菜、水产品、畜产品等。
他同时认为，加入世贸组织后，国外的先进农业技术和管理经验，将提高我国农业的管理水平和生产水平。我国与国际农业教育、科研、技术的交流与合作会更为紧密和频繁，从而加速提高农业科技水平和农业增长的科技含量。
由于我国要在遵守世贸组织有关规则的基础上承诺降低农业贸易保护程度，逐步开放农产品市场，这就意味着在参与世界农业贸易自由化的进程中，我国农业发展将面临风险和挑战。对此，卢良恕分析说，国内农产品市场面临对外开放的压力已不可避免，缺乏比较优势的农产品将面临冲击。耕地密集型、比较利益低的种植业农产品受到的冲击将比较明显，如小麦、大豆、玉米、棉花、油及油料、糖及糖料。此外，他还认为目前政策支持水平与我国农业规模不相称，不利于通过农产品价格政策、生产资料补贴政策和收入政策等调控农产品生产成本和市场，调动农民的生产积极性。
卢良恕最后表示，实现农业和农村经济结构战略性调整的目标，必须紧紧依靠农业科技进步，用现代科学技术改造传统农业，用现代科学方法管理农业，用现代科学文化知识武装农民，提高农产品的科技含量和附加值以及农产品品质。