棉花生产纯收益、每公斤主产品成本和每公斤物质成本来体现品种经济效益差别。生产纯收益情况是反映农户经济状况的最基本和最直接的量化依据，农民通过选择所种植的棉种来追求棉花生产的利润最大化，在品种间不存在价格差异的情况下，主要反映在每公斤棉花产品的总成本上。
单位面积(公顷)主要品种经济效益如表5所示，从中可以看出Bt抗虫棉的纯收益远远大于非Bt的抗虫棉和常规棉，这主要是因为Bt抗虫棉的抗性作用，农民的农药成本和用工成本大大降低，说明种植转基因品种棉花给棉农带来经济上极大利益。值得一提的是SGK321，由于上述提到的原因，客观的影响造成产量较低，表现纯收益较小，但仍比常规棉和非Bt的抗虫棉高很多。
表5. 分品种的棉花生产经济效益评价
品 种
纯收益
(元/公顷)
每公斤产品成本
(元/公斤)
每公斤物质成本
(元/公斤)
Bt抗虫棉
33B
560
3.2
1.6
SGK321
-90
3.8
2.4
GK-12
1333
3.1
1.5
其它
2520
2.6
1.3
非Bt的抗虫棉
-3943
5.1
2.6
常规棉
-2021
4.1
2.1
9418
-1941
4.0
2.1
其它
-2101
4.2
2.1
由于常规棉的用工成本远远大于抗虫棉，实际上对这两省棉花的劳动力机会成本较高的农户，种植常规棉已经无利可图，因为纯收益已经是负值。常规棉纯收益低的原因主要是农药费用大用工较多，由此也说明棉农种植抗虫棉不但省工省药，更重要的是纯收入得到了较大幅度的提高。
常规棉和非Bt的抗虫棉（除SGK321外）每公斤棉花成本和物质费用成本均高于Bt抗虫棉，每生产1公斤棉花，常规棉和非Bt的抗虫棉比Bt抗虫棉所花费的成本要多出0.84元和1.6元，所花费的物质成本要多出0.5元和0.8元。
四、总结
1、通过对Bt抗虫棉品种和常规棉品种的实证分析，得出结果是：Bt抗虫棉品种在节约生产成本和提高收益上，要优于常规棉。种植Bt抗虫棉有利于增加农民的纯收益。农民在Bt抗虫棉上的农药用工和农药成本，都远远少于常规棉品种，在棉花的生长季的施药次数、施药数量和施药成本也都远远低于常规棉。
2、抗虫棉在生产上的应用，促进了高科技生产商品化趋势，降低了农民和政府的投资风险，增强了对抗病虫害的信心，大大减少了农民生产成本。但目前在全国的种植面积还很小，1999年转基因抗虫棉的面积仅占全国棉花面积的8％，发展的潜力还很大，应大力推广抗虫棉品种，以便在农业生产上发挥更大的作用。
3、相对于转基因抗虫棉高度的节药效应和较低的劳动强度的优点，其产量并未超出人们的期望，在大田生产中，单位产量并未比当地优良的常规棉品种高。产量是衡量品种优略和能够在生产上广泛使用、推广的最直接、最有利的证据之一，如何增强抗虫棉产量是一个亟待解决问题。